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箱式生物過濾器是循環水處理諸多環節中的核心設備。在循環水體總水量固定的情況下，投入的總氮量不斷增加，這些含氮物質在一系列的生物的作用下，轉化成溶解于水的氨或亞硝酸鹽類，這些物質的不斷積累，將導致水生生物的中毒。故在循環水養殖中必須將這些氨氮等物質轉化為無毒的物質。生化箱就是通過一定的載體，培育生化細菌，對水中的氨氮等物質進行分解。但生化過濾需要一定的前置預處理，如蛋白質分離器等都可作為生物過濾的預處理設備。